La negociación en el mercado secundario se puede realizar a través de tres sistemas:
1. A través de los intermediarios o brokers ciegos ( mercado "ciego" ), también denominado "primer escalón", al que sólo pueden acceder los miembros del mercado negociantes de Deuda pública. La negociación tiene lugar electrónicamente, sin conocer la contrapartida (de ahí el nombre de mercado "ciego"). Constituye el núcleo del mercado de Deuda pública, puesto que los agentes participantes en este segmento se comprometen a cotizar precios de compra y venta con diferenciales reducidos (en torno a 5 céntesimas en precio para emisiones activamente negociadas), garantizando la liquidez para el conjunto del mercado. El tamaño mínimo de las operaciones es de 1 millones de euros. En el mercado ciego sólo se puede operar a vencimiento, ya sea al contado o a plazo. No están permitidas las operaciones dobles. La liquidación de pérdidas y ganancias se realiza diariamente a precios de mercado del día, y al vencimiento de la operación se efectúan los ajustes pertinentes.
2. El sistema de negociación bilateral, directa o a través de broker, también denominado "segundo escalón", a través del cual se desarrolla la negociación entre Entidades de crédito con actividad en el mercado secundario de Letras o Bonos y Obligaciones del Estado. En este segmento se puede operar a vencimiento (al contado o a plazo) y en operaciones dobles (repos). Las operaciones se pueden realizar entre las entidades directamente o bien a través de un intermediario. En este caso, el intermediario casa la operación, informa a las partes de la contrapartida -que es conocida en este sistema- y éstas comunican al Sistemas de Registro, Compensación y Liquidación de Valores correspondiente, los términos de la operación para su posterior liquidación a través de TARGET2-Securities.
3. El sistema de negociación que comprende las transacciones entre los miembros del mercado y sus clientes.